卵巢巧克力囊腫是子宮內(nèi)膜異位癥中常見(jiàn)的一種，由于子宮內(nèi)膜侵犯卵巢，種植在卵巢上，經(jīng)過(guò)生長(zhǎng)形成囊腫。這種異位的子宮內(nèi)膜也受雌激素、孕激素的影響，隨同月經(jīng)周期反復(fù)增生、分泌、剝脫出血。由于血無(wú)法排出，久而久之，形成內(nèi)含陳舊性積血的囊腫，這種陳舊性血呈褐色，由于水分被吸收所以粘稠如糊狀，似巧克力，因此形象地稱(chēng)之為巧克力囊腫。

導(dǎo)致巧克力囊腫的病因是子宮內(nèi)膜異位，而子宮內(nèi)膜異位的發(fā)生目前還不是特別明確，主要有三種學(xué)說(shuō)：種植學(xué)說(shuō)，化生學(xué)說(shuō)和上皮由來(lái)學(xué)說(shuō)，其中種植學(xué)說(shuō)是比較受肯定的，種植的途徑主要有經(jīng)血逆流、醫(yī)源性種植、淋巴傳播和血管播散等。